Der Erbauer des Ebenrains ist der Basler Seidenbandfabrikant und – händler Martin Bachofen (1727-1814) gewesen. Drei Jahre nach seinem Tode verkaufte seine Frau den Ebenrain dem Basler Handelsherrn Johann Rudolf Ryhner - Streckeisen. 1884 machte er durch einen Pistolenschuss seinem Leben ein Ende. Seine Witwe verkaufte das Gut 1836 dem Geschäftsmann Ludwig Vest aus Liestal. 1838 ging es an den Basler Lukas Vischer, Sohn des Peter Vischer - Sarasin vom blauen Haus in Basel.1840 verstarb er. Erst 1849 verkauften seine Erben das Schloss an den königlich preussischen Major Leopold von Orlich. 1850 ging der Landsitz an Ernst Wilhelm Wilding, Fürst Radali von Sizilien. 1857 trat dieser den Ebenrain an Johannes David Sickerler in Basel ab. 1860 erwarb das Schloss der ehemalige Pfarrer von Tramelan, Charles Philipert Gobat. Zwölf Jahre später verkaufte er den Ebenrain an Albert Hübner - Allan von Müllhausen. Nach seinem Tode 1890 behielt seine Gattin bis zu Ihrem Hinschied 1911 den Ebenrain. Anschliessend ging das Gut an die älteste Tochter Marie Eugénie Catherine, Gattin von Charles Philippe Touchard (1844-1930) aus Versailles. Er starb 1930 auf dem Ebenrain. Im selben Jahr wurde der Landsitz an dem Basler Kaufmann Rudolf Staechelin - Finkbeiner (1881-1946)verkauft. 1946 erlag er einem Schlaganfall, worauf sein Sohn Peter Gregor 1951 den Landsitz dem Kanton Baselland verkaufte. Dieser benützt seither den Landsitz für temporäre Kunstausstellungen, Konzerte und zu Rebräsentationszwecken.

Leider ist der Landsitz im Innern nicht öffentlich, aber der Park und die Aussenanlagen kann man besichtigen.